O cheondoísmo originou-se do Donghak (lit. "aprendizado oriental"), um movimento religioso que surgiu na Coreia do século XIX como uma reação à invasão ocidental, particularmente a disseminação do catolicismo. O movimento Donghak começou com Choe Je-u em 1860, mas tornou-se uma religião oficialmente reconhecida sob seu terceiro líder, Son Byong-hi.

Choe Je-u formulou a ideologia Donghak em 1860 como uma alternativa ao Seohak (lit. "aprendizagem ocidental"), que estava ganhando força nas classes mais baixas da Coreia devido à sua capacidade de fornecer um senso de estrutura e estabilidade além da unidade familiar. Devido à sua base em religiões estabelecidas - confucionismo, budismo e taoismo - e seu compromisso em representar os ideais orientais, o movimento rapidamente ganhou ampla aceitação entre o campesinato.

O cheondoísmo como religião evoluiu no início de 1900 a partir dos movimentos de libertação camponesa de Donghak nas províncias do sul da Coreia, particularmente a malsucedida, mas consequente rebelião de 1894. Os seguidores do Donghak foram severamente perseguidos até o estabelecimento do Tratado do Protetorado de 1905, que garantia de liberdade religiosa. Portanto, em 1º de dezembro de 1905, Son Byong-hi decidiu modernizar a religião e inaugurar uma era de abertura e transparência para legitimá-la aos olhos dos japoneses, que tinham forte influência sobre a Coreia na época. Como resultado, ele mudou oficialmente o nome de Donghak para Cheondoísmo. Em seguida, uma constituição e um Bureau Geral Central foram estabelecidos para a religião, centralizando-a e tornando-a mais acessível ao público.